La Chiesa di Sant’Agnese si trova all’angolo tra Campo Sant’Agnese e Rio Terà Foscarini nel Sestiere di Dorsoduro, circa a metà strada tra la zona dell’Accademia e quella delle Zattere.
La zona fu caratterizzata dalla presenza di molti ordini religiosi tra cui i Gesuiti, che qui a fianco eressero la Chiesa di Santa Maria del Rosario, e i Domenicani che a loro succedettero nella gestione dei terreni.
La fondazione della Chiesa di Sant’Agnese risale almeno intorno all’anno Mille che  portò molti ordini religiosi a costruire chiese in tutta Italia. I primi documenti attestanti Sant’Agnese sono un po’ più tardi attestandosi sul finire delll’XI secolo.
La chiesa subì una triste razzia delle sue ricchezze in seguito alla soppressione degli ordini religiosi voluta da Bonaparte dopo la sua discesa in Italia.
Solo a a metà del XIX secolo dopo un intervento volto alla riapertura la Chiesa di Sant’Agnese poté riaprire al culto assumendo il titolo di Oratorio dell’Istituto Cavanis adiacente.